El sistema de cómputo con el que genero mis CFDI, registra importes con más de dos decimales por cada partida de la factura y con dos decimales en la parte de totales. ¿Es válido generar comprobantes con diferente número de decimales en las partidas y en los totales?

Sí es correcto; por cada concepto de la factura se puede utilizar de cero hasta seis decimales como máximo y en los totales se debe redondear al final del cálculo el resultado al número de decimales que soporta la moneda.

Ejemplo:
Se emite una factura con moneda mexicana (MXN) con las siguientes partidas donde base y tasa o cuota tienen 4 decimales.

El monto del impuesto se calcula también con 4 decimales; al obtener el total del impuesto sumando las 4 partidas se obtiene 0.7104; al redondear al final del cálculo el resultado al número de decimales que soporta la moneda, en este caso son dos decimales, se llega a 0.71.
De esta manera los comprobantes son validados y timbrados sin problema por el PAC.

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