La diferencia está en el alcance del proceso de generación de un CFDI: Conector Fiscal cubre desde cero la construcción del CFDI, creando la generación del sello del emisor más el proceso de timbrado, y Timbre Fiscal solo cubre la certificación de que todos los elementos del XML del CFDI, creado en tu sistema, cumplen con las especificaciones técnicas determinadas en el Anexo 20 de la Resolución Miscelánea Fiscal, generando solo el nodo de Timbre Fiscal si todas las validaciones son exitosas.